usi l'evento onclick sul confirm per interccettare la conferma dell'utente e gli colleghi una funzione, del tipo "onclick=ApriPopupConForm()"

e nella funzione ApriPopupConForm gli dici di aprire la popup

function ApriPopupConForm() {
var winpopup=window.open("paginaDaAprire.htm");
}

e in paginaDaAprire.htm inserisci normalmente un form

<body ...>
<form name="form1" ...>

</form>
</body>