creare una cartella mi pare scomodo ma potrebbe essere, altrimenti potresti utilizzare il rewrite dell'url

prova a cercare rewrite su questo forum per le spiegazioni cmq il tuo esempio potrebbe essere riscritto per richiamare una pagina x in questo modo

sito.com/723bd01f65708dcab0548d00d78b0741/file.exe
diventa ->
sito.com/download.php?id=723bd01f65708dcab0548d00d78b0741

in questo modo si intuisce subito il trucchetto, tutte le richieste di quel tipo sono dirottate dal webserver sulla pagina download.php passando l'id in get

la pagina php controlla se l'utente ha i permessi per scaricare il file e lo restituisce al browser

quell'id potrebbe indicare una riga del database di questo tipo
id - nomefile - scadenza

dove nomefile è il path vero del file sul server che rimane completamente trasparente all'utente

Ciao