Dipende da come hai sviluppato il sito.. comunque generalmente se hai a disposizione un database, puoi creare una tabella commenti e poi fare in modo che ogni volta che un utente commenta, viene salvato l'id dell'articolo commentato (in modo da avere una corrispondenza tra ogni commento ed il proprio articolo) e le varie informazioni riguardanti l'articolo.
Poi alla fine di ogni articolo con una query SQL estrai dalla tabella tutti i commenti che si riferiscono all'articolo in questione ed il gioco è fatto...

Io te lho scritto in poche righe.... in php è semplice ma un po + lungo XD