se fai una formattazione di basso livello, una formattazione completa, questa riscrive fisicamente per intero il disco, imponendogli un filesystem, un "modo" tramite il quale il SO scrive e legge i file nel disco.

quindi difficilmente qualcosa resta, compreso un malware. poi hai detto di aver cambiato disco quindi..

ipotizzando che sia un malware che ti crea quei problemi, potrebbe anche arrivare dall'altro pc o dalla tua rete o da intenert. se lo installi e nn lo metti in rete ti crea gli stessi problemi?