Dunque, andiamo con ordine...il path è semplicemente il percorso dove è collocato il file all'interno del filesystem (c:\Programmi\... oppure c:\Documents and Setting\Utente\Documenti\mio-file.pdf). Se sei su un web server tipo apache, la radice del filesystem è / (ROOT), assimilabile al c:\ di Win. Ora quando carichi un file con php (a tal proposito vedi la sezione PHP di HTML.it e cerca nella categoria UPLOAD, hai molti script semplicissimi per caricare un file con php) devi assegnarli appunto il path di dove lo vuoi salvare a partire da / (ROOT)...questo path o percorso, poi lo salvi nel db.
Per quel che riguarda la parte dell'utente che carica i file sul server, è semplice: basta inserire una portzione di codice html si fatto:
Codice PHP:
<form method="POST" action="update.php" enctype="multipart/form-data">
   Allegato

   <input type="file" name="attachment" />
   <input type="submit" value="inserisci" />
</form> 
L'attributo enctype="multipart/form-data" serve ad indicare al form che stai inviando anche un file (qualsiasi, nel tuo caso un PDF) nel pacchetto POST...
Credo che questo, insieme ad una sbirciata alla sezione PHP di HTML.it, possa farti avere la quadratura del cerchio...almeno spero