Ho scavato un pò su internet ed effettivamente il problema esiste (ed ognuno si fa le proprie ipotesi). La teoria ufficiale:
https://savannah.gnu.org/bugs/?17957

ipotizza che la sorgente del problema sia l'uso dell'opzione 'savedefault' in menu.lst, giustificando (secondo me a ragione) che questa opzione effettua un accesso alla struttura del filesystem richiedendo che sia clean.

Soluzione: eliminare l'opzione savedefault da menu.lst