per le innoDB serve il backup... non c'e' santo buono a copiarle.....

dovresti ripristinare tutto come prima (versioni e struttura) ed eseguire il backup.

Poi dopo aver installato la nuova versione eseguirai il restore.

Per le MyIsam bisogna salvare e ripristinare i file con il server stoppato. cambiando la versione (ma dipende da quali versioni si parla) necessita backup/restore per aggiornare la struttura delle tabelle che potrebbe essere cambiata.