puoi installare mysql 5.0 in una sua cartella. Se accetti il path di default per l'installazione troverai le due installazioni. Poi farai il restore su mysql 5.0 partendo dal backup del 4.1.

Con mysql administrator poi potrai facilmente cambiare le impostazioni del servizio (se se su win).

nell'installazione troverai le due versioni e potrai disinstallare quella che ti pare, dopo che avrai verificato il funzionamento del nuovo.