ha senso invece che il link sia presente nell'attributo href... così da essere raggiungibile anche a js disattivato

ad ogni modo se vuoi fare in questo modo modifica la funzione inserendo come prefisso il percorso...

codice:
function acr(el){
    folders = "/path1/path2/";
    window.open(folders + el.href, '',
'width=100,height=100,toolbar=yes,location=yes,status=no,menubar=no,scrollbars=no,resizable=no,top=0,left=0');
    return false;
}