innerHTML non e' buona cosa per fare quello che vuoi fare:
ad ogni aggiunta tu sovrascrivi brutalmente il contenuto dell' intero contenitore
rendendo piu' complesso del necessario il rilevamento e il settaggio delle opzioni precedentemente selezionate

crea e appendi select e option con i metodi del DOM, createElement e appendChild
http://javascript.html.it/guide/lezi...del-documento/
cosi' il problema lo aggiri a monte
o addirittura clona un' intera select

inoltre tu usi php per scrivere in un js che a sua volta scrive cose che ad intuito andrebbero nel normale xhtml
(le select di partenza)
senza questo giro i dati presenti almeno nelle select di base restano accessibili, (potrebbe non servirti nel caso specifico ma...) ai motori e a javascript disabilitato

un esempio di manipolazione con elementi di form la trovi per esempio qui
http://forum.html.it/forum/showthrea...hreadid=848168
anche se non vengono usate select il concetto e' identico

ciao