Prova così:
codice:
# inserisci le parole da cercare all'interno delle
# parentesi suddivise dai pipe |
rex = /\b(cane|gatto|topo|uccello)\b/g

# costruisci l'oggetto mettendo come chiave le parole da cercare
# e come valore le parole da sostiture
var rep={'cane':'CAGNOLINO','gatto':'GATTINO','topo':'TOPOLINO','uccello':'UCCELLINO'};

text_area = "cane gatto cane topo uccello";

text_area=text_area.replace(rex,function(myStr,backRef){
	return(rep[backRef])?rep[backRef]:backRef;
    })
alert(txt);
mentre per sostituire le parentesi angolari:
codice:
txt = '<nadids <Uno <due dsfsdf <tre sdsdf> asd <sdf <>';

rex =/(<[^<>]*)</g;
while(txt.match(rex))
	txt=txt.replace(rex,"$1");
alert(txt);