Ciao,

puoi gestire l'hover sui <tr> via css:
codice:
tr:hover {
// codice
}
come se fossero un link. :hover funziona su tutti o quasi i tag HTML. Naturalmente questo non vale per IE6 e precedenti.

Se proprio vuoi che anche quegli utenti vedano l'hover devi usare un js del tipo:
codice:
function setOver () {
   // l'id della tabella
   var tabella = document.getElementById("id-tabella")
   // tutte le celle della tabella
   var righe = tabella.getElementsByTagName("td");
   for (i=0;i<righe.length;i++) {
      righe[i].onmouseover = function () {
         this.style.backgroundColor = "#RRGGBB";
      };
      righe[i].onmouseout = function () {
         this.style.backgroundColor = "";
      };
   }
}

// lo carichi quando la pagina si è caricata
window.onload = function () {
   setOver();
};