Nuovo file, imposti le dimensioni (tipo 1024x765) lo lasci vuoto, sul primo frame metti il full screen, sul decimo un loadMovieNum a quello che sarà il movie vero e proprio, sul livello 0, ed esporti come proiettore.

Poi, stesse dimensioni, fai il tuo movie come pare a te, ed esporti in swf.

Nel movie fai le tue robe: tasti di navigazione, contenuto diviso in più parti, immagini, testi eccetera. E fai le animazioni che vuoi: transizioni, sfumature di passaggio, maschere per la comparsa, quello che vuoi insomma.
Per le parti diverse vedi se organizzarle in tante scene diverse o in una scena unica su fraames diversi (dipende da come ti trovi meglio e da quanta robaa c'è), ad avanzamento automatico, o mettere degli stop e dei play sui tasti, o anche dei gotoAndPlay per rimandare a scelta ai punti che vuoi.

Puoi anche fare caricare ogni singola parte come movie esterno (sempre swf), invece che tutto in un unico file, dando ai tasti dei loadMovie tutti allo stesso livello (0).

Se vuoi fare delle transizioni, metti degli stop, dopo i quali fai l'effetto di transizione e sull'ultimo frame metti i loadMovie, e sui tasti metti dei play.