prima di tutto nel tuo ciclo $i e' la variabile fissa e $j quella che incrementa
quindi dovrai fare NAME="nomesoft$j" NAME="funzionesoft$j"

poi attento se le stringhe sono comprese tra apici singoli $j non viene considerata una variabile.

quindi tralasciando html che vai a generare
Codice PHP:

<?php
  echo '<table width="100%">';
    $numeroiterazioni = 1;
    for($j=0; $j<$numeroiterazioni ; $j++){
      echo "<tr><td width=\"185\"><INPUT NAME=\"nomesoft$i\" TYPE=\"text\" VALUE=\"\" COLS=50 SIZE=\"50\"></td>";
      echo "<td width=\"262\"><INPUT NAME=\"funzionesoft$i\" TYPE=\"text\" VALUE=\"\" COLS=50 SIZE=\"50\"></td></tr>";
      }
    echo'<tr><td><INPUT NAME="aggiungisoft" TYPE="button" VALUE="Aggiungi"></td></tr>';  
  echo'</table>';
?>

ho cambiato i con numeroiterazioni genera meno confusione.
cosi dovrebbe andare ma non ho verificato che l'html generato sia esatto.

Andrea