Un JS che modifica il CSS al volo non mi pare una buona soluzione. Mi sembra decisamente una cosa "sporca".

Dal mio punto di vista vedrei meglio un JS che attribuisce classi diverse ad un elemento.
Cioe` esistono due classi CSS ben chiare e fisse; tramite JS puoi attribuire una classe o l'altra allo stesso elemento:
document.getElementById('OGGETTO').className = "miaclasse";

Tra l'altro in questo modo eviti altri problemi, acceleri gli eventi e scarichi il client.


Se devi assegnare un attributo solo per il brwoser IE6, hai sempre a disposizione i "commenti condizionali" (vedi tra i "link utili" se non sai cosa sono).
Ma se hai il problema dell'accessibilita`, JS e` molto piu` pericoloso dei CSS e della validazione CSS.