Hai capito perfettamente.
Questo avviene perchè c'è e deve esserci separazione fra quello che c'è nella pagina ed il suo funzionamento e quello che c'è fuori e il suo funzionamento.
L'utente deve essere libero di utilizzare tutte le funzionalità del browser senza limitazioni.
Il tasto refresh serve a ricaricare la pagina aperta attualmente. Siccome la pagina aperta è il frameset e non il fram è giusto che sia esso ad essere aggiornato.
L'utente può eventualmente cliccare con il tasto destro sul frame che gli interessa e scegliere di aggiornare quello.