tenta con un "repaire table tabella", ma mi rimane da capire perche' se puoi fare una copia tu non possa fare un backup.
E' possibile installare MySQL 4.1.22 "in parallelo" a MySQL 5.0.45, ed usare tutti e due da phpMyAdmin?

REPAIRE TABLE tabella EXTENDED, usato da MySQL 5.0.45, è miseramente fallito.

Un tool di conversione fra i formati delle due versioni di MySQL, non esiste?

La copia mi è stata trasmessa, di mano in mano, da una persona che non è più possibile ricontattare.