Volendo formattare l'array di byte secondo il formato tipico di un MD5 e volendo usare le nuove funzionalità di Java 5:

codice:
public static String bytesToHexString (byte[] ar)
{
    StringBuilder sb = new StringBuilder (ar.length*2);
    for (byte b : ar)
        sb.append (String.format ("%02X", b));
    return sb.toString ();
}
Ma si possono studiare soluzioni ancora più performanti.