1. Il redirect js ti riporta i visitatori ma i motori non lo leggono, quindi non riportano il vecchio sito sul nuovo. Se riesci a mettere un meta refresh con tempo di redirezione nullo, togliendo i contenuti dalle vecchie pagine, è meglio.

2. Il PR viene 'esportato' poche volte in un anno, e ultimamente anche in modo parziale, quindi prima che tu riesca a vederlo possono passare anche molti mesi. In ongi caso non è una cosa di cui preoccuparsi.