elimina il secondo input e prova così (al momento non la posso testare per cui non ti assicuro che possa funzionare, può darsi sia necessario aggiungere l'ora in altro modo...)

codice:
function getCurrentTime() {
    var dt = new Date();
    hh =((dt.getHours()) < 10)? '0'+dt.getHours() : dt.getHours();
    mm = ((dt.getMinutes()) < 10)? '0'+dt.getMinutes() : dt.getMinutes();
    return [hh, mm].join(':');
}

window.addEvent('domready', function() { 
      myCal1 = new Calendar({ date1:  'd/m/Y ' + getCurrentTime() }, { direction: 1 });
   });
La funzione l'ho usata per calcolare il momento effettivo in cui clicchi sulla data (e non sull'evento domready, potrebbero passare anche dei minuti tra i due eventi) e per formattare la data con gli zero.