Non ricordo se anche VIRTUALDUB converte i filmati dopo averli tagliati. Lo hai già provato?
Se non sono troppo lunghe queste registrazioni che hai realizzato potresti anche usare (armandoti di un pò di pazienza) del semplice Windows movie maker e cancellare manualmente le parti che non ti interessano. Io faccio così ma certo si può fare per video di lunghezza limitata.