Non devi gestire 2 db, solo due tabelle. la pending è uguale alla user solo che in più ha il codice di registrazione. E' semplice

Ti invio la pagina che prende i dati dal form (poi la adatti)
prendo per scontato che ci sia già una risorsa di connesione al db e che sia $conn

Codice PHP:
function stringacasuale() 
        {
            $car = "aAbBcCdDeEfFgGhHiIlLjJkKmMnNoOpPqQrRsStTuUvVwWxXyYzZ0123456789";

            srand((double)microtime()*1000000);
            $elaborazione = '' ;

                for ($contatore=0; $contatore<50; $contatore++) 
                {

                    $numeroCasuale = rand(0, strlen($car)-1);

                    $carattere = substr($car, $numeroCasuale, 1);
                    $elaborazione = $elaborazione . $carattere;

                }
    
                return $elaborazione;

        }

    $ver = stringacasuale();
            $message = "Benvenuto $_GET[username],\r\nper confermare la tua iscrizione ed attivare il tuo account, clicca sul seguente link di attivazione:\r\n\r\nhttp://www.tuosito.com/verify.php?key=" . $ver;
            $sql = "INSERT INTO mem_pending (username, password, email, ver) VALUES('$_GET[username]', '$_GET[password]', '$_GET[email]', '$ver')";
            mysql_query($sql, $conn);
            mail ($_GET['email'], 'Conferma di registrazione di ......', $message, "From: tuonome<info@tuosito.com>"); 
E adesso la verify.php

Codice PHP:
$key = $_GET['key'];

$query = "SELECT * FROM mem_pending WHERE ver='$key'";
$res = mysql_query($query, $conn);
    if ($row = mysql_fetch_array($res))
    {
        $sql = "INSERT INTO mem_user (username, password, email) VALUES('$row[username]', '$row[password]', '$row[email]')";
        $del = "DELETE FROM mem_pending WHERE ver='$key'";
        mysql_query($sql, $conn);
        mysql_query($del, $conn);
        mysql_close();
}
else
{
errore
} 
Vedi.
Cerca nel pending la riga che contiene la key giusta.
Se c'è, inserisce i dati di quella riga in user e cancella la riga stessa da pending

Devi solo aggiungere qualcosa per gestire gli errori se vuoi.

Spero sia comprensibile