Nessun appesantimento o controindicazione.
Eliminare un processo, al contrario, dovrebbe alleggerire il carico di CPU.

Se proprio dobbiamo guardare il pelo nell'uovo, l'unica accortezza da prendere riguarda eventuali messaggi d'errore o trace di eccezioni: esse andrebbero loggate in un file, per poter controllare la corretta esecuzione del programma. Togliendo la "finestrella del DOS", infatti, tutti i messaggi inviati su standard output e standard error verrebbero persi.

A tal proposito puoi dare un'occhiata a questo mio articoletto: Redirigere lo standard output.

Ciao.