Forse è come dice la PistolaUmana ))).
Per compilare da terminale devi entrare nella cartella che hai estratto. Lo hai fatto? Esempio: hai estratto i sorgenti sul desktop nella cartella /home/pippo/Desktop/source, allora apri il terminale e digita il comando cd /home/pippo/Desktop/source, poi vai avanti col configure. Tanto per essere sicuri.