Ciao,
per aprire un file sulla root come nel tuo esempio vanno bene entrambe i metodi, il secondo metodo solo se lo script si trova nella stessa directory in cui è presente il file da aprire ( in questo caso la root directory ).
Per quanto riguarda la seconda situazione, il primo esempio che fai è corretto, sempre considerando che lo script si trovi nella stessa directory del file che si vuole linkare.
Il secondo esempio non va bene, non puoi usare un path fisico per un link, utilizza invece il nome del dominio con http ad esempio http://www.miosito.it/nomefile.txt