hum, se li hai installati dal gestore dei pacchetti, e se effettivamente sono presenti nella cartella /usr/src/kernel.in.uso/ , e ancora l'applicazione ti dice che non li trova,
fai un link simbolico alla cartella dei sorgenti chiamato linux in /usr/src (è una vecchia convenzione).

in soldoni, in /usr/src dai ln -s ./cartellakernel linux