non gestirei una seconda textarea, l' xhtml che normalmente popola la textarea e' ricavato dinamicamente dall' area wysiwyg, allo stesso modo andrebbe ricavata una versione bbcode

fondamentalmente ti servirebbero 2 cose:
regexp fatte bene per convertire i tag xhtml in bbcode (e, probabilmente, viceversa)
meccanismo per rilevare la posizione del cursore e la selezione anche nella textarea
(per applicare modifiche al testo selezionato o comunque in posizione corretta)
che e' sicuramente molto simile, se non uguale, a quello per l' iframe

ciao