Dipende da quello che vuoi fare.
Se vuoi includere il file js su tutto il sito basta aggiungerlo nel file del template

Se invece vuoi usarlo solo con un componente, devi aggiungere un if in php del tipo

codice:
<?php 
if ($option == "com_content") {
?>
<script type="text/javascript" src="mioscript.js"></script>
<?php } ?>
Un'altra soluzione è quella di usare addCustomTagaddCustomTag , ma in questo caso le modifiche vanno fatte ai file del componente (con conseguenti problemi in caso di aggiornamenti.