La Gtk+ di per se non ha alcuna API per segnalare o ricevere notifiche dal system tray. In C sta prevalendo la libreria dbus come standard per l'intercomunicazione tra i processi e purtroppo non ho trovato alcun binding PHP per libdbus.

Recentemente nella mailing list di sviluppo si è discusso di includere dbus direttamente nella Gkt+ ma la mozione ha trovato (secondo me a ragione) molta resistenza. Ad ogni modo, in PHP non avrai accesso a dbus (e quindi alla possibilità di segnalare al system tray) per parecchi mesi.