Originariamente inviato da tigh
tabella progetti:
id_project(primary key che si autoincrementa), nome_progetto , descrizione

tabella oggetti:
id_object (primary key che si autoincrementa) , nome_oggetto , descrizione, id_project

una tabella file:
id_file (primary key che si autoincrementa), path del file, id_object, id_project
La struttura è buona, a parte il campo "id_project" nella tabella "file" che è ridondante e quindi da eliminare (se hai già l'id_object sai già anche l'id_project). I campi id tendo a metterli all'inizio della struttura perché è più efficiente nel caso di record voluminosi o a lunghezza variabile.

Quanto al metodo di importazione userei il comando SQL 'LOAD DATA INFILE' che agisce (molto velocemente) su file di puro testo. Dacci un'occhiata nella documentazione di MySQL (o chi per lui).