visto che il database dovrà essere aggiornato con due o tre nuovi progetti nuovi all'anno non di più probabilmente è la cosa più sensata anzich'è impazzire per cercare un modo per fargli scrivere automaticamente l'id_oggetto corretto...
Saggia decisione.

io ho pensato la tabella "file" per potervi inserire il path dei file e non i file veri pe propri, ho letto in giro che questa è la scelta migliore.... è vero?
No, non è vero: è solo la più semplice.

Devi valutare a seconda delle tue esigenze. Per esempio, se i files ce li hai già sul filesystem o vuoi vederli anche senza MySQL, registrare solo il link è la soluzione più ovvia e naturale. Se invece hai molti files (nell'ordine delle migliaia) e accedi solo con MySQL, registrarne il contenuto direttamente nel database è sicuramente la soluzione più efficiente.