beh, si, questo è normale perché la libreria non è sviluppata appositamente per girare con php quindi non utilizza le funzionalità di php per gestire queste cose
però considera questo discorso più come un lato negativo che positivo perché mentre prima potevi in qualche modo liimtare l'utilizzo di memoria per processo ora ti ritrovi con il rischio che qualcuno ti faccia collassare il server inviandoti immagini di 10000x10000 tutte nere o tutte bianche a 32bit, per far un esempio, con il risultato che il file è piccolissimo ma in si tira una marea di memoria ... a questo ci aggiungi che viene fatto più volte contemporaneamente e caboom
esattamente a te cosa serve fare? considera anche l'utilizzo di xnview (quello da riga di comando però) perché ti permette di far tutto ed è un vero flash!