Posso rispondere solo in piccola parte...

1) Non è vero che mysqli serve necessariamente con mysql > 4.1. Nel senso che puoi usare mysql > 4.1 anche con la vecchia estensione. In questo caso però il server deve girare in modalità old-passwords, perché il vecchio client ovviamente non supporta le nuove (in realtà questo non è esatto al 100%... se vuoi capire fino -quasi- in fondo guarda qui e cerca 'memorizzazione delle password'.).
Non saprei dirti invece se mysqli possa funzionare con versioni di server mysql < 4.1

2) La gestione dei caratteri è in effetti un po' ostica, ma oramai imprescindibile nel mondo globalizzato...
Non ho capito però se parlando di "collation" ti riferivi proprio a quelle, o non piuttosto ai character set, visto che le collation sono in realtà la parte più semplice.
Se non hai già dato un'occhiata qui potresti farlo adesso... poi magari chiedi cosa non è chiaro.

Su tutto il resto non ho nulla da dire