Non è solo una questione di attributi... c'entrano anche le ACL (modificabili con il comando cacls o dalle proprietà della cartella), WFP (che protegge parte dei file contenuti in system32 => e se la cartella non è vuota non puoi cancellarla) e soprattutto il fatto che la maggior parte dei file contenuti in queste cartelle è in uso e quindi non può essere cancellato.
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E comunque cmd.exe NON È DOS. È la console di Windows NT.