Be', potresti scrivere direttamente sul pendrive senza partizioni, direttamente in quello che dai sistemi operativi verrà visto come spazio libero... tuttavia questo metodo è piuttosto rischioso perché un utonto potrebbe formattare il pendrive per errore, senza contare che comunque i dati crittografati saranno leggibili sotto Windows con tool adeguati (tipo DiskProbe), e in Linux addirittura con un semplice cat /dev/hdlettera.
Ecco una pillola che spiega come accedere a basso livello ad un disco in VB.NET.