Beh.... fai un explode() della stringa che ti contiene tutti i tag, usando per paramento il carattere di separazione (nel tuo caso la combinazione virgola-spazio).

La funzione ti restituisce un array, che ordinerai con natsort().

Esempiuccio semplice semplice.

Codice PHP:
$stringa "html, linguaggio, script";

$array_tag explode(", "$stringa);
$array_ordinato natsort($array_tag);

echo 
"<pre>";
print_r($array_ordinato);
echo 
"</pre>"