Al di là del fatto che non è buona norma richiamare eseguibili da librerie, dipende da cos'è esattamente questo eseguibile e da dove è situata la dll; se non devi metterla nella GAC e l'eseguibile in questione serve solo alla tua dll ti conviene metterlo nella stessa cartella della dll. In ogni caso, evita sempre e comunque l'hardcoding del percorso completo della dll.