A occhio direi che è quello il problema
codice:
#include <iostream>
#include <cstdlib>
#include <string>
#define dim 1000

using namespace std;

int main () 
{
char S[dim];
char c1, c2;
int i;
cout<<"Inserire la parola:"<<endl;
cin>>S;
cout<<S<<endl;

cout<<"Inserire c1: ";
cin>>c1;
cout<<endl;
cout<<"Inserire c2: ";
cin>>c2;
cout<<endl;
for (i=0; i<strlen(S); i++) {
    if (S[i]==c1)
       S[i]==c2;  <-- S[i]=c2 
    }
cout<<S;

system("PAUSE");
return 0;
}
[/QUOTE]