Così su due piedi sinceramente non ti so rispondere ma dubito fortemente che con un'unica query, procedura o quant'altro, tu possa risolvere.
Bisognerebbe avere sottomano il db per cercare di capire meglio la struttura già esistente e tentare di salvare il salvabile.

Hai tutta la mia solidarietà, anche io qualche mese fa ho ereditato un database fatto da una capra e molte cose per normalizzare il db le ho dovute inserire tutte a manina. VVoVe: