Non e' questione di estensione. E' un problema che riguarda tutti i files di testo, al di la del loro utilizzo.

Immagino che il tuo problema riguardi un file .sql

un editor di testo avanzato ha la possibilita' di cambiare il charset (ad esempio PSPad ha un menu' 'formattazione'...)

oltretutto il problema si aggrava se l'applicativo gira su una macchina non windows perche' windows e linux/unix hanno un modo diverso per gestire il ritorno a capo.

Ad ogni modo se vuoi liberarti del tutto dei problemi e se il testo nel database verra' mostrato in un'applicazione web... beh allora non usare le lettere accentate ma il loro corrispettivo HTML.