1 - il menu orizzontale si sposta tutto a sx.
Ma a quale oggetto HTML si riferisce? Dal contesto non si riesce a discriminare tra il #navcontainer e il #navlist. Vedi il consiglio di prima sui colori di sfondo.

2 - cosa è il CLEAR?
Questo e` un forum di discussione, non una spiegazione passo-passo di cosa sono gli attributi CSS. Trovi spiegazioni in qualsisasi tutorial sui CSS (ad esempio quello di HTML.it); e trovi un esempio nella pillola sul clearing di fcaldera (vedi tra i "link utili").

3 - cosa dovrei utilizzare al posto del padding?
Dipende dal contesto. Se puoi evitare il padding hai meno problemi di compatibilta` con IE; altrimenti devi inserire dei commenti condizionali per "correggere" le misure per IE.