confermo l'infelice scelta di virtualbox nel modo di gestire il file, (anche per l'id che viene registrato nella macchina virtuale e che costringe ad un giro assurdo per duplicare la macchina).

utilizzo quotidianamente una macchina win virtuale (per farci girare principalmente flash e photoshop) sul mio sistema linux. Di fatto però la mia esperienza personale mi ha fatto disinstallare vmware già qualche tempo, al primo crash di win non sono più stato in grado di far ripartire la macchina, inoltre ad ogni tentativo di avvio vmware occupava tutte le risorse del sistema host rendendo anche questo inutilizzabile.

tra i due sistemi di gestione il copia-incolla tra macchina reale e virtuale di vmware è ottimo, dal punto di vista della gestione finestra quella di virtualbox è decisamente migliore (dopo aver provato la gestione "trasparente" non l'ho più lasciata.).

per quanto riguarda il problema che ti è capitato ecco la mia soluzione per virtualbox : ho tutte le macchine virtuali che non superano i 5Gb, e sulle quali comunque installo solo sistema e applicazioni.
Il sistema virtuale è collegato in rete con la macchina reale e tutti i lavori vengono salvati su remoto, in questo modo non ho alcuna esigenza di backup dei sistemi virtuali (e il crash anche definitivo di una macchina mi costringe solo a ripristinare il sistema).