Questo dovrebbe fare al caso tuo:
codice:
checkbox.onclick = function() {
  for(var i = 0, l = array.length; i!=l; i++)
    if(this.id == array[i]) return true;
  array.push(this.id);
}
Tutto ciò che deve fare lo script è semplicemente controllare ogni voce dell'array per vedere se una di queste corrisponde all'id che stai aggiungendo.