Per essere il tuo primo sito è accettabile... beh, sempre se tralasciamo che l'hai fatto con front page.
Io direi di scegliere tra l'uso d Flash o di JQuery per le animazioni; è ovvio che se li usi tutti e due ci sarà un pò di rallentamento.
Io ti consiglio di abbandonare le animazioni Flash e di sostituirle con qualche animazione fatta con jQuery + Interface