Premetto che sto studiando da poco python e quindi probabilmente ci saranno forme migliori per scriverlo.
Ad ogni modo, io farei una cosa simile a questa (magari un po' più ordinata, questa è una bozza):

codice:
from re import findall
input_file = open("un_file", "r")
lines = input_file.readlines()
input_file.close()
tot=[]
fattore=1234 #sostituisci con fattore di conversione appropriato
for line in lines:
    curr=findall('[-+]?[0-9]+\.?[0-9]*', line)
    curr=map(lambda n: float(n)*fattore, curr)
    tot.append(curr)
del curr, lines, input_file
in tot ora hai un array di array di valori, basta scriverli su file o su standard output.