Ciao,
non so se ho capito ma ci provo...

In pratica tu crei una certa classe, miaclasse.php

Codice PHP:
<?php
class MiaClasse ()
{
 function __construct()
 {
   // costruttore
 }

 function metodo1()
 {
   // un metodo
 }
}
?>
Questo è un esempio del tuo index.php

Codice PHP:

<?php
require_once('miaclasse.php');
?>
<html>
<head>
...
...
<body>
<?php
oggetto = new MiaClasse();

?>
</body>
</html>
In pratica la classe la crei separata ( e magari in una directory separata che è meglio ), poi prima di utilizzarla la includi nel tuo progetto e la istanzi dove vuoi.
Ciao