Per scongiurare tutti i rischi dovresti prima di spegnere il pc, fare clic su "rimozione sicura dell'hardware".
in questo modo l'hd non sarà più utilizzato dal sistema e l'unica cosa che continuerà a girare sarà il disco interno.
Seguendo queste istruzioni non avrai nessun problema (se no, perché non avrebbero fatto lo switch? )

Ciao e auguri