Risolto. In NetBeans 6 è già presente il connector per MySQL (cioè il file JAR di cui parlavi), basta vedere dov'è questo file e nella Web Application cliccare col destro su Library e scegliere Add Jar File, per aggiungere questo connector alle librerie.

Ora il problema sarà dove va messo questo file quando non testerò più le pagine con il tomcat bundled di NetBeans ma con uno installato ad hoc.