Prova così:
codice:
document.onclick = function(e) {
  var e = e || window.event,
       obj = e.target || e.srcElement;
  if(obj.getAttribute("rel").indexOf("lightbox") != -1 && !obj.onclick) {
     myLightbox.start(obj);
     return false;
  }
}
Se non funziona metti un alert dentro l'if per vedere se quel blocco viene eseguito.