Ho appena scaricato lo zip.
Ho notato che la struttura non rispecchia alcuni suggerimenti forniti per la creazione di un nuovo environment.

Se posso, ti suggerirei di scaricare la beta di Zend Studio Neon, la versione 6 di Zend Studio basata su Eclipse.
E' free per tutto il periodo di sviluppo ed integra nativamente il supporto a Zend Framework, è eccezionale!

Quando scegli di creare un nuovo progetto Zend Framework ti configura in automatico un nuovo ambiente, un po' come avviene con l'inizializzazione di un nuovo progetto Rails o Symfony.
Preso questo sistema dovrebbe cmq essere automatizzato, non appena il componente Zend_Build sarà pronto.

Ad ogni modo, tornando al problema, mi sono scaricato lo zip e conto di darci uno sguardo in giornata.

PS. Approfitto per segnalarti che è quasi pronto un progettino dedicato a ZF.
Siccome vedo che sei uno tra quelli nel forum che lo usa di più, ti andrebbe di dargli uno sguardo? Contiene qualche tutorial, articolo ed altro.